[법인 결산] 운용리스 세금계산서 100만 원 vs 실납입 48만 원, 사라진 차액 52만 원은 어떻게 분개해야 할까?

 

신입사원 김 대리의 '사라진 돈' 미스터리

2026년 2월 11일, 천안의 중견기업 (주)천안테크 회계팀. 입사 3개월 차 김 대리는 2월 결산을 앞두고 식은땀을 흘리고 있었다. 그의 모니터에는 법인 차량 리스료 명세서와 법인 통장 거래 내역이 양쪽으로 띄워져 있었다.

"어라? 이게 왜 안 맞지? 내가 엑셀 수식을 잘못 걸었나?"

김 대리는 계산기를 다시 두드렸다. 캐피털사에서 날아온 전자세금계산서에는 분명히 [공급가액 1,000,000원]이라고 적혀 있었다. 하지만 같은 날짜에 법인 통장에서 빠져나간 돈은 정확히 [480,000원]뿐이었다.

'52만 원이 어디로 간 거지? 혹시 경리팀 미스 김 씨가 실수로 덜 보냈나? 아니면 캐피털사 전산 오류인가?'

김 대리의 머릿속에는 온갖 상상이 펼쳐졌다. 만약 과소 납부된 거라면 연체 이자가 붙을 것이고, 세금계산서가 잘못된 거라면 수정 세금계산서를 요청해야 했다. 그는 떨리는 목소리로 옆자리의 베테랑, 박 과장을 불렀다.

"과장님... 큰일 났습니다. 이번 달 사장님 제네시스 리스료가 펑크 난 것 같아요. 세금계산서랑 이체 금액이 50만 원 넘게 차이가 납니다."

박 과장은 김 대리의 모니터를 힐끗 보더니, 안경을 추켜올리며 피식 웃었다. 

"김 대리, 자네 입사할 때 우리가 리스 계약서 철해둔 거 봤어? 거기 '선납금' 항목 확인해 봤나?"

"선납금이요? 보증금 말씀하시는 건가요?"

"아니, 보증금 말고 선납금. 일명 선수금이라고도 하지. 사장님이 차 뽑을 때 월 리스료 줄이려고 미리 목돈을 태웠잖아. 그게 매달 녹아 없어지는 거야."

그제야 김 대리는 계약서 파일을 뒤적거렸다. 계약서 구석에 적힌 [선납리스료 30%]라는 문구가 눈에 들어왔다. 매달 발행되는 세금계산서는 '전체 리스 용역의 가치'였고, 통장에서 나가는 돈은 '선납금을 깐 나머지'였던 것이다. 사라진 돈은 없었다. 다만 회계장부 속에서 조용히 소멸하고 있었을 뿐. 김 대리는 그제야 안도의 한숨을 내쉬며 차변과 대변을 맞출 수 있었다.

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💡 차액은 '선급비용(선급금)'을 차감(대변)하는 것으로 처리해야 합니다.

질문자님, 당황하지 않으셔도 됩니다. 이는 리스 계약 시 '선납금(선수금)'을 납부했기 때문에 발생하는 지극히 정상적인 현상입니다.

✅ 핵심 회계처리 솔루션 (분개 예시)

  • 상황: 세금계산서 발행액 100만 원 / 통장 실납입액 48만 원

  • 원인: 계약 초기에 납부한 목돈(선납리스료)이 매달 52만 원씩 나뉘어서 리스료로 충당되고 있는 것입니다.

  • 분개 방법:

    • (차변) 지급임차료(리스료) : 1,000,000원

    • (대변) 보통예금 : 480,000원

    • (대변) 선급비용(또는 선급금) : 520,000원

즉, 차액 52만 원은 [선급비용] 계정과목을 대변에 기입하여 자산을 감소시키는 방식으로 처리하시면 딱 맞아떨어집니다.


📝 운용리스 구조와 세무 조정 완벽 가이드

왜 이런 차이가 발생하는지, 그리고 법인세 신고 시 주의해야 할 '업무용 승용차 비용 특례'까지 상세하게 분석해 드립니다.

1. 보증금 vs 선납금의 결정적 차이 💰

리스 계약을 할 때 초기에 내는 목돈은 크게 두 가지입니다. 이 둘을 구분하는 것이 회계처리의 시작입니다.

  • 보증금 (Refundable): 리스 계약이 끝나면 돌려받는 돈입니다. 이는 월 리스료를 깎아주지 않습니다. 회계상 [보증금] 자산으로 잡아두고 만기 때 그대로 회수합니다.

  • 선납금 (Non-refundable): 리스 계약이 끝나도 돌려받지 못하는 돈입니다. 대신 월 리스료를 미리 낸 것으로 간주하여 매달 납입금을 깎아줍니다. 질문자님의 경우, 이 선납금을 납부하셨기에 실납입액이 줄어든 것입니다. 회계상 [선급비용] 또는 [선급금]으로 처리합니다.

2. 세금계산서가 '총액'으로 발행되는 이유 🧾

캐피털 사는 질문자님 법인에 매달 100만 원어치의 '차량 대여 서비스'를 제공하고 있습니다.

  • 비록 현금은 48만 원만 받았지만, 나머지 52만 원은 이미 받아둔 선납금에서 까는 것이므로, 제공한 용역의 총가치인 100만 원에 대해 세금계산서를 발행하는 것이 세법상 맞습니다.

  • 따라서 비용(지급임차료) 인식도 48만 원이 아닌 100만 원으로 잡아야 합니다.

3. 법인세 비용 인정 한도 (업무용 승용차 특례) 📉

차변에 비용을 100만 원으로 잡았다고 해서, 법인세법상 전액 비용으로 인정받는 것은 아닙니다.

  • 감가상각비 상당액 한도: 운용리스라 하더라도 리스료 중 '감가상각비 상당액'은 연간 800만 원 한도 내에서만 비용 인정됩니다. (리스료 - 보험료 - 자동차세 - 수선유지비 = 감가상각비 상당액)

  • 운행기록부: 임직원 전용 보험에 가입하고 운행기록부를 작성하지 않으면, 연간 1,500만 원까지만 비용으로 인정됩니다. 100만 원씩 12개월이면 1,200만 원이므로 한도 내에 있지만, 차량 가액이 비쌀 경우 한도 초과가 발생하여 손금불산입(상여) 처분될 수 있으니 주의해야 합니다.

4. 부가가치세 매입세액 공제 여부 🚫

  • 경차(1000cc 미만), 9인승 이상 승합차, 화물차: 세금계산서의 부가세 10%를 공제받을 수 있습니다.

  • 일반 승용차 (제네시스, 쏘나타, 그랜저 등): 개별소비세 과세 대상 차량은 영업용(택시, 렌터카업 등)이 아닌 이상 매입세액 불공제 대상입니다.

  • 처리: 불공제 차량의 경우, 부가세 포함 금액(110만 원) 전체를 [리스료(비용)]로 처리해야 합니다.


❓ 자주 묻는 질문 (Q&A)

Q1. 선급비용과 선급금 중 어떤 계정과목을 써야 하나요? 

👉 A. [선급비용]이 더 정확합니다. 기간이 경과함에 따라 비용화되는 성격이므로 '선급비용'이 적절합니다. 다만, 실무적으로는 선급금으로 잡아놓고 매달 차감하는 경우도 많습니다. 중요한 건 자산으로 잡았다가 비용으로 대체한다는 메커니즘입니다.

Q2. 리스 계약이 끝났는데 선급비용 잔액이 남으면 어떡하죠? 

👉 A. 그럴 일은 없습니다. 계약 기간(예: 36개월, 48개월)에 맞춰 선납금을 정확히 N분할하여 차감하도록 설계되어 있습니다. 만약 중도 해지한다면 남은 선납금은 위약금과 상계되거나 반환받게 되므로 그때 정산하면 됩니다.

Q3. 금융리스도 똑같이 처리하나요? 

👉 A. 아니요, 금융리스는 완전히 다릅니다. 금융리스는 자산(차량운반구)으로 잡고 감가상각비이자비용으로 처리합니다. 세금계산서도 리스료 전체에 대해 나오지 않고, '이자 부분'은 면세 계산서가 나오거나 영수증만 나옵니다. 질문자님은 '운용리스'라고 하셨으므로 위 답변대로 하시면 됩니다.

Q4. 차액 52만 원에 대한 증빙은 없나요? 

👉 A. 최초 계약 시 받은 [선납금 입금증]과 [리스 상환 스케줄표]가 증빙입니다. 매달 52만 원에 대한 별도의 영수증은 없습니다. 리스 실행 시점에 받은 상환 스케줄표를 보면 "선납금 차감액: 520,000원"이라고 명시되어 있을 것입니다. 이것을 결산 서류에 첨부하면 됩니다.

Q5. 부가세 신고할 때 이 세금계산서는 어떻게 하나요? 

👉 A. '승용차'라면 [공제받지 못할 매입세액]에 넣어야 합니다. 세금계산서는 받았으니 부가세 신고서의 '매입처별 세금계산서 합계표'에는 들어갑니다. 하지만 일반 승용차라면 불공제 사유(비영업용 소형승용차 구입 및 유지)를 선택하여 매입세액을 다시 뱉어내야(공제 0원) 합니다.