📂 [연말정산 실무] 세무사 없이 직접 할 때, 등본과 종이 서류는 어떻게 처리하나요? (입력 vs 보관 완벽 가이드)

 

🏢 [에세이] 김 대리의 책상 위, 갈 곳 잃은 종이 뭉치들

중소기업 경영지원팀 3년 차 김 대리에게 올해 1월은 시련의 계절이다. 회사가 비용 절감을 위해 그동안 세무사 사무실에 맡기던 연말정산을 올해부터는 자체적으로 진행하기로 결정했기 때문이다.

"김 대리, 자네가 더존 프로그램 좀 만질 줄 아니까 이번엔 직접 해보지? 직원도 30명밖에 안 되는데 할 수 있잖아."

대표님의 가벼운 한마디에 김 대리의 야근은 확정되었다. 유튜브 강의를 보며 국세청 홈택스에서 다운로드한 '간소화 PDF' 파일을 회계 프로그램에 업로드하는 것까지는 성공했다. 세상 참 좋아졌다고 생각하던 찰나, 직원들이 제출한 종이 서류들이 문제였다.

주민등록등본, 가족관계증명서, 교회에서 받아온 종이 기부금 영수증, 안경 구입비 영수증... 책상 위에 수북이 쌓인 이 종이들을 보며 김 대리는 멘붕에 빠졌다.

"아니, PDF는 업로드 버튼이 있는데, 이 종이들은 도대체 어디에 업로드하는 거야? 스캔해서 파일로 첨부해야 하나? 아니면 국세청에 택배로 보내야 하나?"

프로그램 도움말을 아무리 뒤져봐도 '등본 업로드'라는 기능은 보이지 않았다. 식은땀이 흘렀다. 혹시 내가 중요한 절차를 빼먹고 있는 건 아닐까? 김 대리는 떨리는 손으로 키보드를 두드리기 시작했다. 이 종이 뭉치들의 운명은 과연 어떻게 되는 걸까?

---

💡 핵심 개념: '데이터 전송'과 '증빙 보관'의 차이

질문자님과 김 대리가 겪는 혼란은 연말정산의 '제출 구조'를 오해했기 때문에 발생합니다. 결론부터 말씀드리면, 등본이나 기타 종이 서류는 국세청 전산에 파일 형태로 업로드해서 보내는 것이 아닙니다.

1. 국세청이 원하는 것: '데이터(Data)' 💻

회사가 연말정산을 마친 후 3월 10일까지 국세청에 제출하는 것은 '지급명세서'라는 전자 파일(전산매체 파일)입니다. 이 파일 안에는 직원들의 소득, 공제 금액, 부양가족 수 등의 '숫자와 텍스트 정보'만 들어갑니다. 등본 이미지나 영수증 스캔본이 들어가는 것이 아닙니다.

2. 회사가 해야 할 일: '확인 및 보관(Retention)' 🗄️

그렇다면 직원들이 낸 등본은 쓸모가 없을까요? 아닙니다. 회사는 국세청을 대신하여 이 서류를 '검토'하고 '보관'할 의무가 있습니다.

• 검토: 직원이 입력한 부양가족이 실제 가족인지(등본/가족관계증명서), 기부금 영수증이 위조된 건 아닌지 확인합니다.

• 보관: 확인이 끝난 서류는 회사 내 문서고나 별도의 파일철에 5년 동안 보관해야 합니다. 나중에 국세청에서 세무 조사가 나왔을 때 "이 직원 공제 왜 해줬어? 증거 대봐"라고 하면 그때 꺼내서 보여주는 용도입니다.

---

🛠️ 실무 가이드: 기타 서류(등본 등) 처리 3단계 프로세스

세무대리인을 쓰지 않고 회사 자체 프로그램(더존 Smart A, 위하고, 이카운트, 세무사랑 등)을 사용할 때, 간소화 PDF 외의 서류를 처리하는 구체적인 방법입니다.

🔔 Step 1. 서류 접수 및 대조 (오프라인 작업)

직원들에게 받은 간소화 PDF 외의 서류들(주민등록등본, 장애인증명서, 종이 기부금영수증, 월세 이체 내역서 등)을 펼쳐 놓고 확인합니다.

• 등본/가족관계증명서: 사원등록 메뉴나 부양가족 탭에 입력된 가족 사항과 일치하는지 눈으로 확인합니다. (주민번호, 세대주 여부 등)

• 기부금/안경/교복 영수증: 국세청 간소화 자료에 없는 '기타 자료'이므로, 영수증에 적힌 금액과 상호명을 확인합니다.

🔔 Step 2. 프로그램에 '수기' 입력 (온라인 작업)

이 과정이 질문자님이 가장 궁금해하시는 '업로드 처리를 어떻게 하느냐'의 정답입니다. 파일 업로드가 아니라, 보고 타이핑(입력)하는 것입니다.

• 인적 공제(등본): 프로그램 내 [사원등록] 또는 [연말정산 입력] > [부양가족] 탭에 들어가서, 등본을 보고 부양가족의 성함과 주민번호를 직접 입력하거나 수정합니다.

• 종이 영수증(기부금 등): [연말정산 입력] > [소득공제신고서] 또는 [기부금 명세서] 탭을 찾습니다.

  • '국세청(간소화)' 칸이 아닌 '기타(그 밖의 자료)' 칸에 해당 금액을 직접 숫자로 입력합니다.

  • 기부금의 경우, 기부처의 사업자번호와 상호명, 기부 금액을 입력하는 팝업창에 영수증 내용을 보고 입력합니다.

🔔 Step 3. 서류 편철 및 보관 (마무리)

입력이 끝나고 세액 계산이 완료되면, 직원들로부터 받은 모든 종이 서류와 간소화 PDF 출력물(또는 파일), 그리고 프로그램에서 출력한 '근로소득 원천징수영수증'과 '소득공제신고서'를 한 묶음으로 만듭니다.

• 이 서류 뭉치는 회사 내 캐비닛에 5년간 보관합니다. (국세청 전송 X)

---

💾 요즘 프로그램(ERP)의 '파일 첨부' 기능에 대하여

"어? 우리 회사 프로그램에는 파일 첨부 기능이 있던데요?"라고 반문하실 수 있습니다.

최근 나오는 웹 기반 ERP(위하고, 나하고, 비즈메카 등)나 자체 구축 시스템의 경우, 직원들이 모바일로 등본 사진을 찍어 올리면 담당자가 화면에서 바로 볼 수 있는 '첨부 기능'을 제공합니다.

하지만 이것은 '업무 편의'를 위한 기능일 뿐입니다.

1. 직원이 사진을 올림.

2. 담당자가 화면 한쪽에 사진을 띄워놓고 보면서 데이터를 입력함.

3. 입력 후 해당 파일은 '회사의 서버'에 저장됨 (국세청 서버로 날아가는 게 아님).

즉, 프로그램에 업로드 기능을 제공하더라도, 그것은 회사가 서류를 디지털로 보관하기 위함이지 국세청 신고 데이터(전산매체)에 그 이미지가 포함되는 것은 아닙니다. 따라서 프로그램에 파일 첨부 기능이 없다면, 그냥 종이로 받아서 보고 입력하고 종이째 보관하시면 됩니다.

---

⚠️ 자체 연말정산 시 담당자가 자주 하는 실수 TOP 3

세무사 없이 직접 하실 때 이 부분은 꼭 주의하세요.

1. 제출 기한 엄수 (3월 10일): 연말정산 작업은 2월 급여 지급일(또는 2월 말)까지 끝내서 직원들에게 환급/징수를 하고, 그 결과물인 '지급명세서'를 3월 10일까지 국세청 홈택스에 전자 제출해야 합니다. 하루라도 늦으면 가산세가 어마어마합니다.

2. 중도 입사자 처리: 올해 중간에 입사한 직원은 '입사 이후' 기간에 쓴 비용만 공제되는 항목(신용카드, 의료비, 보험료 등)이 있습니다. 간소화 PDF를 업로드할 때 해당 월만 선택해서 적용하거나, 월별 내역을 확인하여 불필요한 기간의 금액을 빼야 합니다. (단, 연금저축, 기부금 등은 기간 상관없이 공제 가능)

3. 부양가족 중복 공제: 맞벌이 부부가 자녀를 양쪽에서 이중으로 공제받거나, 형제자매가 부모님을 중복으로 공제받는 경우가 가장 흔한 추징 사례입니다. 직원들에게 "가족 중 다른 분이 공제받는지 꼭 확인하라"고 공지해야 합니다.

---

❓ 자주 묻는 질문 (Q&A)

Q1. 등본을 스캔해서 PDF로 만들어뒀는데, 이걸 홈택스에 올리는 메뉴가 정말 없나요? 

🅰️ 네, 없습니다. 홈택스에 제출하는 것은 '지급명세서(파일변환신고)'라는 데이터 파일입니다. 등본 스캔본은 회사 컴퓨터 폴더에 잘 정리해서 '자체 보관'하시면 됩니다. 나중에 세무서에서 연락 오면 그때 제출하면 됩니다.

Q2. 직원이 월세 공제를 받고 싶다며 집주인 계좌이체증을 가져왔어요. 이건 어떻게 해요? 

🅰️ 이것도 '기타 서류'입니다.

1. 프로그램의 [주택자금] 또는 [월세액 세액공제] 탭을 엽니다.

2. 임대인 주민번호, 계약서상 주소지, 월세액 등을 직접 타이핑해서 입력합니다.

3. 가져온 이체 확인증과 임대차계약서 사본은 회사에서 보관합니다.

Q3. 세무사를 안 쓰면 책임은 누가 지나요? 

🅰️ 연말정산의 1차 책임은 '근로자(직원)'에게 있고, 원천징수의무자로서의 2차 책임은 '회사'에 있습니다. 회사가 고의로 누락하거나 조작한 게 아니라면, 직원이 서류를 잘못 낸 것에 대한 가산세는 직원이 부담하게 됩니다. 다만, 회사가 업무 미숙으로 신고 기한을 놓치거나 전산 입력을 실수하면 회사가 가산세를 물 수 있으니 꼼꼼한 검토(크로스체크)가 필수입니다.

Q4. 등본은 매년 새로 받아야 하나요? 

🅰️ 원칙적으로는 변동 사항이 없으면 전년도 자료로 갈음할 수 있습니다. 하지만 주소지 변경이나 세대 분리, 부양가족 변동(사망, 이혼 등)이 있을 수 있으므로 실무적으로는 매년 새로 받는 것이 가장 안전합니다. 특히 주택 관련 공제(월세 등)를 받는 직원은 등본상 주소가 필수 확인 사항이므로 무조건 새로 받아야 합니다.

---

✨ 글을 마치며

처음 자체 연말정산을 진행하시느라 막막하고 부담감이 크시겠지만, 원리만 알면 단순 반복 업무입니다.

핵심 요약:

1. 간소화 PDF는 '자동 입력' 도구다.

2. 등본, 종이 영수증은 '수기 입력' 대상이자 '회사 보관'용이다.

3. 국세청에는 이미지 파일이 아닌 '데이터'만 보낸다.

이 세 가지만 기억하시면 됩니다. 이번 연말정산을 무사히 마치시면 회사의 비용 절감에 기여한 핵심 인재로 인정받으실 겁니다. 전국의 모든 경영지원/인사 담당자님들의 칼퇴를 응원합니다!